تختلف درجة حرارة التخزين المثالية من منتج إلى آخر، وتُعتبر درجة الحرارة الأفضل لنقله. وعادةً ما تكون أبرد درجة حرارة يتحمّلها المنتج قبل أن يتجمّد أو يتضرّر.

قد يلحق ضرر فسيولوجي بالمنتجات الاستوائية وشبه الاستوائية التي تعرضت لدرجات حرارة متدنية لم تصل إلى درجة التجمد، مثل اللون البني على قشور الموز. وغالباً ما يظهر هذا التلف عندما يعود المنتج إلى درجة حرارة الغرفة.

قد تتضرر المنتجات المقاومة لدرجات الحرارة المتدنية عندما تصل إلى درجة التجمد، نتيجة تفكّك بنيتها الخلوية بسبب تمدد الماء أثناء عملية التجمد. وقد تبدو المنتجات، نتيجة ذلك، منقوعة في الماء وتالفة.

تؤدي مستويات الرطوبة دوراً مهماً في توفير الظروف المثالية للبضائع أثناء نقلها. لذلك، تم تجهيز أسطول الحاويات المبرّدة الرائد عالمياً والتابع لشركة MSC بتكنولوجيا متطورة لخفض الرطوبة، بهدف حماية المنتجات الطازجة من الذبول أو من فقدان مياهها بشكلٍ مفرط. تجدر الإشارة إلى أنّ الخدمات التي نقدمها تشمل خفض الرطوبة فحسب، وليس رفع مستويات الرطوبة داخل الحاويات.

تساهم التهوية في حماية السلع المبردة من التلف الناتج عن تراكم ثاني أكسيد الكربون والإيثيلين. فإذا تراكم الكثير من غاز ثاني أكسيد الكربون داخل الحاوية، قد يتغير لون الأنسجة الداخلية لبعض المنتجات مثل الكمثرى والتفاح. يُعدّ الإيثيلين هرموناً تفرزه جميع الفواكه والخضار والزهور. وصحيح أنّه ضروري لعملية نضج الفواكه، لكن قد يؤدي إلى تلف البضائع الأخرى مثل الخضار الورقية. لذلك تمّ تجهيز وحدات MSC المبردة بفتحات تهوية تتيح دخول الهواء النقي مع مرور الحدّ الأدنى من الرطوبة.